与此同时，车臣内部另一股政治势力开始崛起，以年轻的巴萨耶夫为首，这派军官公开挑战马斯哈多夫，频繁发动恐怖袭击震慑俄罗斯。 例如，1998年9月29日，俄罗斯政府驻车臣副代表阿·赛义多夫在格罗兹尼被巴萨耶夫暗杀，尸体至今未寻获。

巴萨耶夫为了逼迫俄罗斯军队撤退，打出了“圣战”的旗号，吸引了更多狂热分子加入他的行列。 1995年，他策划了震惊全球的“布琼诺夫斯克人质事件”，亲自占领医院，将1000多名无辜平民劫为人质，要求俄罗斯政府撤退。